1952年12月，北京中医学会委托白啸山、高凤桐在西单十八半截胡同筹建北京中医学会针灸门诊部。建筑面积180平方米。

　　1953年2月23日，北京中医学会针灸门诊部成立(集体所有制)。工作人员7人。同年10月针灸门诊部增设内科，并更名为：北京市中医学会门诊部。同年，著名中医施今墨，孔伯华等定期参加应诊。

　　1954年1月，北京市公共卫生局在秀贞女医院旧址(西单北大街141号)筹建北京市中医第一门诊部。

　　1954年2月，中医学会门诊部迁至西单羊肉胡同东口路南。(6月清末宫廷御医夏锡五参加门诊部工作，吴定寰随师应诊。12月，屠金城到门诊部每日半天应诊。)建筑面积520平方米，门诊部工作人员28人，其中卫生技术人员18人。

　　1958年7月，中医学会门诊部由北京市公共卫生局接管，成为全民所有制事业单位。并更名为：北京市西四中医门诊部。工作人员45人。12月，许彭龄参加北京市中医第一门诊部工作。

　　1959年初，北京市西四中医门诊部和北京市中医第一门诊部由市公共卫生局领导划归西城区卫生局领导。3月，两个门诊部合并，并迁至护国寺西巷22号(与区卫生局同一楼内)。更名为：北京市西城区护国寺中医门诊部。建筑面积920平方米，工作人员96人。

　　1974年，门诊部由护国寺西巷22号迁入棉花胡同83号(原西城区儿童医院旧址)。占地面积6153平方米。

　　1975年10月，西城区革命委员会批准将西城区护国寺中医门诊部扩建为西城区中医医院，开设病床20张。有职工173人，其中卫生技术人员131人。

　　1979年9月，新建病房楼投入使用(建筑面积2140.53平方米)开设病床150张，职工人数296人，其中卫生人员227人。

　　1986年5月，门诊医技楼竣工并投入使用(建筑面积6340平方米)。9月，经西城区卫生局批准，医院更名为：北京市护国寺中医医院。开设病床250张，职工总数457人，其中卫生技术人员327人。

　　1994年7月，医院更名为：北京中医药大学附属护国寺中医医院。

　　1995年11月，被评为“二级甲等中医院”。

　　1996年9月，被评为“全国示范中医院”。

　　2005年1月，经西城区委，区政府决定，护国寺中医医院与西城区厂桥医院整合，组建新的北京中医药大学附属护国寺中医医院，开设病床390张，职工907人。

　　2007年北京市中医管理局批准医院使用“北京市针灸医院”作为第二名称。

　　2012年通过国家中医药管理局“三级甲等中医专科医院”评审。